Село было образовано переселенцами из Старого Томникова.
Следы первых поселенцев теряются в глубине XVII столетия. Официальная история села начинается с первых вотчинников Нарышкиных. При Елизавете Петровне среди владельцев шацких вотчин появляется имя Кириллы Разумовского; в 1767 – 1779 годах его имя упоминается среди владельцев Новотомникова, а несколько позже на арене истории появляются имена его наследников.
Следует отметить, что в 1740–1749 годах в Новотомникове уже существовала своя деревянная церковь, находившаяся в этот период в ведении рязанского архиепископа Алексея (Титов, 1733 – 1752). По его распоряжению в апреле 1749 года солдатская команда прибыла в село для сбора недоимок на строительство рязанской семинарии. Сборы средств с небогатых приходов были сильно затруднены и рязанский епископ собирал их с помощью военной силы. Новотомниковское духновенство было невероятно бедно и, к тому же, не видело пользы от открытия семинарии. Священник сбежал от команды в лес, а дети и племянники оборонялись от сборщиков всеми доступными средствами.
К роду Воронцовых Новотомниково перешло от Разумовских в начале XIX века. Первой владелицей этой вотчины стала вдовствующая камер-юнкерша графиня Ирина Ивановна Воронцова, урожденная Измайлова (1768 – 1848) купившая земли 6 июля 1807 года у наследников Разумовского. Неточности, допущенные при межевании, стали причиной многолетних судебных разбирательств вплоть до августа 1822 года.
Усадьбы в Новотомникове в первой половине XIX века не было и 48 означенных должностных крестьян исполняли функции сельских специалистов и управляющих хуторами, число которых менялось от 7 до 10. После смерти матери Иван Илларионович владел Новотомниковским имением около семи лет с 1848 по 1854 год. Все эти годы имение оставалось хозяйством, управляемым доверенными людьми, поставлявшими владельцам продукты сельского хозяйства и средства от их реализации.
17 марта 1856 года несовершеннолетнему графу Иллариону Ивановичу Воронцову-Дашкову официально было передано наследство, в которое входило Новотомниково (… в Новотомникове 675 душ….).
Развитие Новотомниковской усадьбы было связано в первую очередь со становлением конного завода (1859).
Новотомниковская жемчужина – Благовещенская церковь, могла исчезнуть с лица земли, как многие другие храмы XX столетия. Эту трагедию остановила отчаянная храбрость сельской женщины Марии Федоровны Родиной. «Угрожая вилами она разогнала компанию подрывников», писала впоследствии ее дочь. Церковь была сохранена, но женщина с 4-летней дочерью и местным духовенством оказалась в тюрьме.
После революции храм оказался без средств, по словам священника, люди были слишком изнежены заботой графа и не смогли сами содержать церковь. В 1935 году священник Александр Еремеев не сумел выплатить налоги и вынужден был передать здание сельскому совету. Уникальный памятник церковной архитектуры приспособили для хранения зерна и до 1946 года он находился в распоряжении глубинного пункта.
Судьба оказалась благосклонной к усадьбе, сохранив ее облик и в трагические 30-е и в застойные 70-е годы.
На главном здании табличка: «Памятник архитектуры XIX века. Ансамбль усадьбы Воронцовых-Дашковых охраняется государством». Но несохраняется. Дом, независимо от охраны и от государства, разрушается, осыпаются углы и карнизы, распадается кирпичная кладка старых веранд.
Предреволюционная статистика свидетельствует о том, что в селе «дворов 256, домовладельцев мужского пола 882, женского пола 904, великороссы, земледельцы, имеют земли менее 1 дес. на душу, занимаются плотничеством...».
